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Os investimentos na Linha 5-Lilás são feitos pela concessionária ViaMobilidade e pelo Governo do Estado de São Paulo. O contrato de concessão prevê que a ViaMobilidade invista R$ 3 bilhões em manutenção, conservação, melhorias, requalificação, adequação e expansão das linhas ao longo dos 20 anos contrato.

Cabe ao Governo, por meio da Companhia do Metropolitano (Metrô), implantar a infraestrutura civil da linha, representada pela construção das estações, instalação das portas de plataforma, subestações, pátio de estacionamento e manutenção, entre outras instalações, além dos túneis e parte dos sistemas. A aquisição de trens também é papel do Governo do Estado de São Paulo.

A concessionária ViaMobilidade é responsável pela operação e manutenção da linha e pelos sistemas como o de sinalização, telecomunicações e CCO (Centro de Controle Operacional). À ViaMobilidade também compete melhorias  na Estação Santo Amaro para melhor atender a demanda de passageiros na interligação com a Linha 9-Esmeralda da CPTM.​